對於不同病因引起的腸炎，需要采用不同的治療方法。如果是由於細菌感染引起的腸炎，病魚的體色沒有發生改變，可以用氟呱酸藥物進行藥浴治療，一般藥浴3~6天，病魚的症狀就會明顯好轉。如果是因為體內寄生蟲感染而引起的腸炎，那就要及時幫它驅蟲，同時對鸚鵡魚出現的病症進行針對性的治療。如果是因為水質突變而引起的腸炎，這種情況一般不需要用藥治療，注意調整好水質，保持水質良好，讓病魚靜養幾天即可。如果是因為消化不良引起的鸚鵡魚腸炎，必要時可以給它用痢特靈藥物進行治療。
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